環境設定
GitHubにログインできない場合
ID/PWでログインが出来なくて、切り替えしてログインダイアログが表示されたらトークンでログインします。トークンの発行は、事前にブラウザでGitHubにログインします。Phpstormの以下の画面で「+ > Log In with Token > Generate」を押すと、トークインを生成する為にGitHubのトークン作成画面がブラウザに表示されます。設定はすでに行われいますので、トークンを生成するだけでよいです。生成されたトークンを利用してPhpstormに設定します。
pleiades.io

GitHub | PhpStorm
PhpStorm を使用すると、GitHubでホストされているGitプロジェクトを IDE から直接管理できます。リポジトリのクローン、プロジェクトの共有、フォークの作成、gist を介したコードの共有、プルリクエストの作成、受信したプルリクエストの確認を行えます。GitHub アカウントを登録する :GitHub でホストされているリポジトリからデータを取得したり、プロジェクトを共有したりするには、GitHub アカウントを PhpStorm に登録する必要があります。既存のアカウントを登録す
パスワードが保存されない場合
Phpstormではパスワード保存ON/OFF機能がありました。
コードインスペクション
require 先のファイルに定義されている変数が未定義と警告される時
「phpstorm警告PHP変数が定義されていない可能性があります」記事を参考して設定します。